加州大學(xué)圣地亞哥分校的電氣工程師團隊開(kāi)發(fā)了一種新型的全基因組比較分析方法，名為CASTER。這一創(chuàng )新可以幫助研究不同物種在地質(zhì)時(shí)間尺度上的關(guān)系，揭示進(jìn)化如何塑造現代基因組及生命樹(shù)的結構。
CASTER為生物學(xué)家提供了一種比現有最先進(jìn)技術(shù)更具可擴展性的全基因組比較方案?？紤]到現存和滅絕物種的基因組數量急劇增加，這一點(diǎn)尤為重要。所有這些基因組均可通過(guò)系統發(fā)育基因組學(xué)分析進(jìn)行比較研究。CASTER能夠提供可解讀的結果，幫助生物學(xué)家理解物種之間的關(guān)系以及基因組不同部分的進(jìn)化歷史。
“自2000年代初以來(lái)，許多研究聲稱(chēng)進(jìn)行了‘全基因組’的系統發(fā)育重建，但這些研究往往是基于基因組中分散的子采樣區域，僅占每個(gè)研究的基因組一小部分。分析所有基因組位置并使用復雜模型似乎難以實(shí)現，”加州大學(xué)圣地亞哥分校的電氣工程教授、該研究論文通訊作者Siavash Mirarab表示。“令我興奮的是，如今我們能夠利用廣泛可用的計算資源，進(jìn)行真正的全基因組分析，比較每個(gè)物種之間所有的堿基。”
“這一里程碑的實(shí)現需要來(lái)自統計學(xué)、計算機科學(xué)及生物學(xué)等多個(gè)學(xué)科的共同努力，”論文的第一作者、加州大學(xué)圣地亞哥分校生物信息學(xué)與系統生物學(xué)博士、目前任職于哥本哈根大學(xué)的張超表示。
雜志：Science
DOI：10.1126/science.adk9688
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